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getcwd: cannot access parent directories: Operation not permitted と出た時の対処法。
Launchctlで自前のスクリプトが動かないエラーの対応法
というブログ記事があってこの通りにするとエラーが解消されましたが、セキュリティ上は好ましくありません。
~/Desktop などに自前のスクリプトを置くとこのエラーが出るようですが、~/ や ~/myproject (一例) に置くとエラーが解消されて動くことが確認できました。
bash にフルディスクアクセス権限を与えずに、場所を変えるのがより良いかと思います。
その他のハマりどころ
スクリプトをいじった後は、
launchctl unload ~/Library/LaunchAgents/test.plist
launchctl load ~/Library/LaunchAgents/test.plist
などでリロードしてやる必要がありました。さもなければ、いじる前の状態のスクリプトで実行され続けます。